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| Data de publicação | Data de defesa | Título | Autor(es) | Orientador(es) | Coorientador(es) |
| 30-Set-2005 | - | A distributed computation of Interpro Pfam, PROSITE and ProDom for protein annotation | Ribeiro, Edward de Oliveira; Zerlotini, Gustavo G.; Lopes, Irving R. M.; Ribeiro, Victor B. R.; Melo, Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de; Walter, Maria Emília Machado Telles; Costa, Marcos Mota; BIOFOCO Network | - | - |
| 15-Abr-2011 | 23-Set-2010 | Escalonamento de tarefas no ambiente do Peer-to-peer do BIOFOCO III | Tedesque, José Carlos | Walter, Maria Emília Machado Telles | - |
| 19-Jan-2011 | 25-Out-2010 | Estratégia distribuída híbrida em cluster multicore heterogêneo para alinhamento múltiplo de sequencias biológicas com o dialign-tx | Macedo, Emerson de Araújo | Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de | Pfischer, Gerson Henrique |
| 20-Mai-2013 | 28-Ago-2012 | Estratégia paralela exata para o alinhamento múlltiplo de sequências biológicas utilizando Unidades de Processamento Gráfico (GPU) | Lima, Daniel Sundfeld | Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de | - |
| Mai-2015 | - | Evaluating the Cassandra NoSQL Database Approach for Genomic Data Persistency | Aniceto, Rodrigo; Xavier, Rene; Guimarães, Valeria; Hondo, Fernanda; Holanda, Maristela; Walter, Maria Emília Machado Telles; Lifschitz, Sérgio | - | - |
| 2012 | - | Exact parallel alignment of megabase genomic sequences with tunable work distribution | Boukerche, Azzedine; Batista, Rodolfo Bezerra; Melo, Alba Cristina Magalhães Alves de; Scarel, Felipe Brandt; Souza, Lavir Antonio Bahia Carvalho de | - | - |
| 22-Jun-2012 | 9-Mar-2012 | Identificação de RNA não codificador utilizando redes neurais artificiais de treinamento não supervisionado | Silva, Tulio Conrado Campos da | Berger, Pedro de Azevedo | - |
| 2013 | - | A method to find groups of orthogous genes across multiple genomes | Telles, Guilherme P.; Almeida Júnior, Nalvo Franco de; Alvarez, Paulo A.; Brígido, Marcelo de Macedo; Walter, Maria Emília Machado Telles | - | - |
| 22-Fev-2017 | 3-Mar-2016 | Método in silico para análise de sequências de imunoglobulinas produzidas por tecnologia de phage display | Silva, Heide Muniz | Brígido, Marcelo de Macedo | Almeida Júnior, Nalvo Franco |
| 30-Jul-2012 | 1-Mar-2012 | Modelo de dados para um Pipeline de seqüenciamento de alto desempenho transcritômico | Huacarpuma, Ruben Cruz | Holanda, Maristela Terto de | - |
| 14-Dez-2006 | 14-Dez-2006 | Ordenação por transposições baseado no formalismo algébrico | Santos, Héderson Pereira dos | Walter, Maria Emília Machado Telles | - |
| 11-Jan-2010 | 27-Mar-2006 | p2pBIOFOCO : um framework Peer-to-Peer para processamento distribuido do BLAST | Ribeiro, Edward de Oliveira | Walter, Maria Emília Machado Telles | - |
| 4-Mar-2017 | - | PlantRNA_sniffer : a SVM-based workflow to predict long intergenic non-coding RNAs in plants | Vieira, Lucas Maciel; Grativol, Clicia; Thiebaut, Flavia; Carvalho, Thais G.; Hardoim, Pablo R.; Hemerly, Adriana; Lifschitz, Sergio; Ferreira, Paulo Cavalcanti Gomes; Walter, Maria Emília Machado Telles | - | - |
| Nov-2013 | - | Provenance in bioinformatics workflows | Paula, Renato de; Holanda, Maristela; Gomes, Luciana S. A.; Lifschitz, Sergio; Walter, Maria Emília Machado Telles | - | - |
| 3-Abr-2013 | 11-Jul-2012 | Proveniência de dados em workflows de bioinformática | Paula, Renato de | Holanda, Maristela Terto de | - |
| 20-Dez-2017 | - | Roles of non-coding RNA in sugarcane-microbe interaction | Thiebaut, Flávia; Rojas, Cristian A.; Grativol, Clícia; Calixto, Edmundo P. da R.; Motta, Mariana R.; Ballesteros, Helkin G. F.; Peixoto, Barbara; Lima, Berenice N. S. de; Vieira, Lucas M.; Walter, Maria Emília Machado Telles; Armas, Elvismary M. de; Entenza, Júlio O. P.; Lifschitz, Sergio; Farinelli, Laurent; Hemerly, Adriana Silva; Ferreira, Paulo Cavalcanti Gomes | - | - |
| 15-Dez-2016 | - | SnoReport 2.0 : new features and a refined Support Vector Machine to improve snoRNA identification | Oliveira, João Victor de Araujo; Costa, Fabrizio; Backofen, Rolf; Stadler, Peter Florian; Walter, Maria Emília Machado Telles; Hertel, Jana | - | - |
| 26-Nov-2009 | 19-Dez-2006 | Um algoritmo para pesquisa aproximada de padrões baseado no método de Landau e Vishkin e uso de arranjos de sufixos para reduzir o uso de espaço | Miranda, Rodrigo César de Castro | Ayala-Rincón, Mauricio | - |
| 7-Dez-2009 | 2006 | Visualização de dados genômicos do fungo Paracoccidioides brasiliensis | Ferreira, Marcos Francisco Ribeiro | Walter, Maria Emília Machado Telles | - |
