| Data de publicação | Data de defesa | Título | Autor(es) | Orientador(es) | Coorientador(es) |
| 9-Jul-2014 | 26-Mar-2014 | Avaliação experimental do efeito do controle top-down e bottom-up sobre a cadeia de detritos em ambiente aquático | Navarro, Fernanda Keley Silva Pereira | Gonçalves Júnior, José Francisco | Carneiro, Luciana Silva |
| 24-Mai-2016 | 1-Abr-2016 | Caracterização da matéria orgânica nas zonas ripárias em diferentes condições de preservação no Cerrado do Planalto Central do Brasil | Bambi, Paulino | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 1-Dez-2017 | 4-Set-2017 | Controles multiescalares bióticos e abióticos da dinâmica e decomposição de detritos foliares em riachos | Tonin, Alan Mosele | Gonçalves Júnior, José Francisco | Boyero, Luz |
| 16-Jul-2012 | 6-Mar-2012 | Decomposição de macrófitas aquáticas em reservatórios com diferentes graus de trofia | Quintão, José Maurício Brandão | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 8-Dez-2021 | 27-Ago-2021 | Desenvolvimento de um framework para avaliação da integridade ecológica de riachos | Couto, Camila Aida Campos | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 4-Dez-2013 | 30-Ago-2013 | Efeito da escala espacial e da cobertura ripária na decomposição de detritos em riachos | Tonin, Alan Mosele | Gonçalves Júnior, José Francisco | Hepp, Luiz Ubiratan |
| 26-Jul-2013 | 21-Mar-2013 | Efeitos antrópicos do represamento de um riacho do Cerrado na decomposição foliar | Salomão, Valéria Prota | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 28-Abr-2023 | 28-Nov-2022 | Efeitos da diversidade de plantas e da produção primária na decomposição em riachos tropicais | Rabelo, Raiane Serejo | Gonçalves Júnior, José Francisco | Tonin, Alan Mosele |
| 7-Jan-2022 | 31-Ago-2021 | Os efeitos da heterogeneidade ambiental no fluxo de energia em riachos do cerrado | Silva, Dianne Michelle Alves da | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 18-Abr-2022 | 16-Dez-2021 | Funcionamento de rios intermitentes sob influência da transposição do Rio São Francisco | Cavalcanti Júnior, Marcos Medeiros | Gonçalves Júnior, José Francisco | Molozzi, Joseline |
| 5-Jul-2012 | 29-Fev-2012 | Influência da qualidade do detrito foliar no processo de decomposição em um córrego de altitude da Serra do Cipó, MG | Alvim, Elisa Araújo Cunha Carvalho | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 23-Jun-2015 | 2-Fev-2015 | Influência da química do detrito foliar e da água sobre a comunidade de hifomicetos aquáticos | Gomes, Patrícia Pereira | Gonçalves Júnior, José Francisco | Medeiros, Adriana Oliveira |
| 3-Out-2017 | 13-Jun-2017 | Processamento de detritos vegetais em riachos do Cerrado : microbacias de drenagem sob impacto de silvicultura exótica | Peil, Alessandra | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 18-Jul-2013 | 28-Mar-2013 | Uso do sensoriamento remoto para monitoramento da concentração de clorofila a em açudes do semiárido | Ventura, Dhalton Luiz Tosetto | Gonçalves Júnior, José Francisco | Martinez, Jean-Michel |
| 20-Dez-2016 | 29-Out-2015 | Variação sazonal na composição química de detritos foliares em zonas ripárias do Cerrado | Lima, Laís de Souza | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
| 20-Nov-2012 | 9-Ago-2012 | Variação temporal da decomposição de detritos foliares em córregos de cabeceira no cerrado | Bezerra, Fernanda de Araújo | Gonçalves Júnior, José Francisco | - |
