Complete genome nucleotide sequence of Pepper mild mottle virus isolated in the Federal District, Brazil

Abstract

Occurrence of Pepper mild mottle virus (PMMoV) on Capsicum plants has become common in Brazil. Despite the importance of this virus, genome information is still lacking for South American isolates. In this report, the first complete genome sequence of a Brazilian isolate of PMMoV (BR-DF01) was elucidated and compared with other PMMoV sequences. The nucleotide sequence of the complete genome of BR-DF01 isolate shared the highest nucleotide identity (99.54%) with the Japanese isolate JP-J, which does not overcome L3 resistance gene of Capsicum plants, as also observed for BR-DF01. The coat protein (CP) amino acid sequence of these two isolates was identical, which suggested that CP is the key factor for L-based resistance breaking. Phylogenetic analysis implied that BR-DF01 and PMMoV isolates belonging to Cluster I, including JP-J isolate, may share a common ancestral origin.

A ocorrência do Pepper mild mottle virus (PMMoV) em plantas de Capsicum tornou-se frequente no Brasil. Apesar da importância desse vírus, informações genômicas de isolados sul-americanos são ainda escassos. Neste trabalho, foi elucidada a sequência do genoma completo de um isolado brasileiro de PMMoV (BR-DF01) e esta foi comparada a outras sequências de PMMoV. A sequência de nucleotídeos do genoma completo do isolado BR-DF01 apresentou a maior identidade (99,54%) com o isolado japonês JP-J, que é capaz de contornar a resistência do gene L3 de plantas de Capsicum, como foi também observado para BR-DF01. A sequência de amino ácidos da capa protéica (CP) desses dois isolados foi idêntica, sugerindo que a CP é o fator-chave para a quebra de resistência baseada no gene L. Análises filogenéticas indicaram que BR-DF01 e isolados de PMMoV pertencentes ao agrupamento I, incluindo o isolado JP-J, podem compartilhar de um ancestral em comum.