http://repositorio2.unb.br/jspui/handle/10482/39987| Arquivo | Descrição | Tamanho | Formato | |
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| 2020_ViniciusAlvesFernandes.pdf | 12,57 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
| Título: | Estudos in silico de moléculas ligantes de nucleossomo sobre a cromatina |
| Autor(es): | Fernandes, Vinícius Alves |
| E-mail do autor: | viniciusaf@hotmail.com |
| Orientador(es): | Santos, Guilherme Martins |
| Coorientador(es): | Treptow, Werner Leopoldo |
| Assunto: | Cromatina Nucleossomo Lipídios Dinâmica molecular Peptídeos |
| Data de publicação: | 28-Jan-2021 |
| Data de defesa: | 1-Set-2020 |
| Referência: | FERNANDES, Vinícius Alves. Estudos in silico de moléculas ligantes de nucleossomo sobre a cromatina. 2020. 99 f., il. Tese (Doutorado em Patologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2020. |
| Resumo: | Mudanças estruturais na cromatina regulam a expressão gênica e definem os resultados fenotípicos. Tais mudanças são ocasionadas por uma variedade de pequenas moléculas e proteínas que, em sua maioria, atuam em nível nucleossomal. Embora toda a superfície do nucleossomo seja alvo de diferentes proteínas ligantes de nucleossomo (NBPs), uma região conhecida como patch acídico é o alvo preferencial dessas moléculas. Dessa forma, experimentos computacionais foram realizados a fim de compreender o impacto ao nível atomístico que vários peptídeos baseados em NBPs exercem sob o nucleossomo. Os resultados indicam que tais peptídeos podem interagir com o nucleossomo e desencadear mudanças estruturais. Foi observado efeitos sobre o perfil de hidratação do nucleossomo, assim como alterações nas flutuações dos resíduos de aminoácidos e nucleotídeos do nucleossomo. Além do estudo com os peptídeos, dados biofísicos indicaram que o colesterol interage com o nucleossomo através de múltiplos sítios de ligação e afeta a estrutura da cromatina in vitro. Atualmente há pouca consciência de que os lipídios possam ser armazenados na cromatina e influenciar seu estado. Aqui, com foco em lipídios que se ligam a receptores nucleares, fatores de transcrição clinicamente relevantes, foram exploradas as interações do nucleossomo com hormônios esteróides, ácidos biliares e ácidos graxos. Os resultados preliminares do encaixe molecular sugerem que outras moléculas lipídicas podem também ter impacto na estrutura da cromatina através da ligação a locais de colesterol comuns no nucleossomo. |
| Abstract: | Structural changes in chromatin regulate gene expression and define phenotype outcomes. Such changes are caused by a variety of small molecules and proteins that act, mostly, at the nucleosomal level. Although the entire surface of the nucleosome is target for different nucleosome binding proteins (NBPs), an interface, known as the acidic patch, is the NBP’s preferred target. Herein, computational experiments were performed in order to understand the impact of various peptides based on NBPs on the nucleosome, at the atomistic level. Results indicate those peptides interact with the nucleosome and trigger structural changes. Effects on the nucleosome hydration profile were observed, as well as fluctuations changes in the amino acid residues and nucleotide. In addition to the study with peptides, biophysical data indicates that cholesterol interacts with the nucleosome through multiple binding sites and affects the structure of chromatin in vitro. Currently, there is little awareness that lipids can be stored in chromatin and influence its state. Here, focusing on lipids that bind to nuclear receptors, clinically relevant transcription factors, nucleosome interactions with steroid hormones, bile acids and fatty acids were explored. Preliminary docking results suggest that other lipid molecules may also impact the chromatin structure by binding to common cholesterol sites on the nucleosome surface. |
| Unidade Acadêmica: | Faculdade de Medicina (FMD) |
| Informações adicionais: | Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Medicina, Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular, 2020. |
| Programa de pós-graduação: | Programa de Pós-Graduação em Patologia Molecular |
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| Aparece nas coleções: | Teses, dissertações e produtos pós-doutorado |
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