Variabilidade genética do vírus da hepatite C em pacientes em hemodiálise no Brasil central

Abstract

A infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) ocorre com freqüência elevada em pacientes com insuficiência renal crônica (IRC) em hemodiálise. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variabilidade genética do HCV circulante em pacientes em hemodiálise no Brasil Central. Na primeira etapa deste estudo, os genótipos e subtipos do HCV foram identificados em pacientes em hemodiálise no Distrito Federal. Para tal as regiões 5’ UTR e NS5B do genoma viral foram amplificadas e sequenciadas. Cinqüenta e uma amostras de soro foram RNA HCV positivas para 5’ UTR e, destas, 42 (82,3%) para NS5B. Pelo seqüenciamento da região 5’ UTR, os genótipos 1 e 3 foram encontrados, sendo o subtipo 1a o mais prevalente (82,3%), seguido dos subtipos 1b (5,9%), 1a/1b (2,0%) e 3a (9,8%). O subtipo 1a também foi o mais freqüente (90,5%) para a região NS5B, seguido do subtipo 3a (9,5%). A concordância da genotipagem para as duas regiões foi de 100% para os genótipos, e de 92,5% para os subtipos. Na segunda etapa deste trabalho, foi comparada a variabilidade genética da região hipervariável (HVR1) do HCV em um grupo de pacientes em hemodiálise anti-HCV negativos, RNA HCV positivos (grupo IRC) e em um grupo de pacientes com hepatite C crônica anti-HCV e RNA HCV positivos, sem tratamento (controle). Para isso, 10 amostras de cada grupo foram amplificadas para a região HVR1, clonadas e seqüenciadas. O grupo controle apresentou uma maior freqüência de sítios variáveis em HVR1 (83,9% x 59,3%, p<0,05), bem como uma maior diversidade entre as amostras e entre as quasispecies (intra-paciente), comparadas ao grupo IRC. Além disso, foi verificada uma maior variabilidade dos aminoácidos nas posições 1(384), 3(386), 8(391), 11(394), 14(397), 15(398), 17(400), 22(405) e 27(410) no grupo controle, em relação ao grupo IRC, que mostrou maior variabilidade somente na posição 5(388) (p<0,05). Por outro lado, não houve diferença estatisticamente significante entre a razão das taxa de substituições não sinônimas e sinônimas dos grupos IRC e controle, sugerindo uma pressão seletiva similar pelo sistema imune sobre as populações virais nestes grupos. O perfil hidropático dos aminoácidos de HVR1 do HCV nos dois grupos analisados revelou-se similar, e as variações nas cargas foram limitadas a sítios específicos. Concluindo, estes dados mostram uma menor variabilidade genética na HVR1 do HCV em pacientes em hemodiálise anti- HCV negativos e RNA positivos (grupo IRC), quando comparados aos indivíduos do grupo controle, que pode estar associada à imunossupressão. ________________________________________________________________________________________ ABSTRACT

Hepatitis C virus (HCV) infection occurs with high frequency in chronic renal failure (IRC) patients on hemodialysis. The aim of this study was to characterize the genetic variability of circulating HCV in hemodialysis patients in Central Brazil. In the first part of this study, HCV genotypes and subtypes were determined in hemodialysis patients in the Federal District. For this, 5' UTR and NS5B regions of viral genome were amplified and sequenced. Fifty-one serum samples were HCV RNA positive for 5 'UTR, and of these, 42 (82,3%) for NS5B. By the sequencing of the 5’ UTR region, genotype 1 and 3 were found, being subtype 1a the most prevalent (82,3%), followed by subtypes 1b (5,9%), 1a/1b (2,0%) and 3a (9,8%). The subtype 1a was also the most frequent (90,5%) for the NS5B region, followed by subtype 3a (9,5%). The concordance of genotyping for the two regions was of 100% for the genotypes, and of 92,5% for the subtypes. In the second part of this study, the genetic variability within hypervariable region 1 (HVR1) of the HCV was compared in a group of hemodialysis patients who were anti-HCV negative and HCV RNA positive (group IRC) and a group of untreated patients with HCV chronic infection who were anti-HCV and HCV RNA positive (control). For this, 10 samples from each group were amplified for the HVR1 region, cloned and sequenced. The control group had a higher frequency of variable sites in HVR1 (83,9% x 59,3%, p<0,05) as well as a greater diversity within (intra - patient) and among the samples, compared to the IRC group. Moreover, it was observed a greater variability of amino acids in positions 1 (384), 3 (386), 8 (391), 11 (394), 14 (397), 15 (398), 17 (400), 22 (405) and 27 (410) in the control group, than in the IRC group, which showed a greater variability only in position 5 (388) (p <0,05). On the other hand, there was no statistically significant difference between the ratio of the rates of non-synonymous and synonymous substitutions of the IRC and control groups, suggesting a similar selective pressure by the immune system on viral populations in the groups. The hydropathic profile of the amino acids in the HVR1 of HCV in the two analyzed groups revealed to be similar, and variations in charges were limited to specific sites. In conclusion, these data show a lower genetic variability within the hypervariable region 1 (HVR1) of HCV in the hemodialysis patients who were anti-HCV negative and HCV RNA positive (group IRC), when compared with individuals in the control group, which may be associated to their immunosuppression.