Prospecção de marcadores transcricionais na COVID-19

Abstract

O SARS-CoV-2, vírus causador da COVID-19 foi primeiramente descrito em Wuhan, China em 2019, de onde rapidamente se espalhou pelo mundo, causando a pandemia anunciada em março de 2020. Diversos estudos encontraram mecanismos virais de escape imunológico que perturbam o desenvolvimento da resposta gerada pelo sistema imune inato e atrasam a resposta do sistema imune adaptativo. Esses mecanismos incluem a capacidade do vírus de reprimir resposta antiviral causada por interferons (IFNs), e a capacidade de interferir em processos de splicing. Ambos mecanismos são realizados com o auxílio das proteínas virais expressas na célula hospedeira e geram resposta complexa, necessitando análises em larga escala, para elucidar as consequências das interação patógeno-hospedeiro. Neste trabalho, a modulação da expressão gênica, padrões de splicing alternativo (SA) e edição de RNA foram avaliados a partir do transcritoma de células imunes disponibilizado em bancos de dados públicos. Análises da expressão de transcritos em células mononucleares do sangue periférico (PBMC) de pacientes com COVID-19, em estágio moderado, mostraram pouca resposta do sistema imune e termos enriquecidos relacionados com a replicação viral. Operações entre conjunto de genes diferencialmente expressos, na COVID-19 e na dengue, mostraram uma resposta inflamatória induzida por NF-kB, indicando uma possível resposta inflamatória, com diminuída resposta antiviral pela via dos IFNs, na COVID-19, que é prejudicial para o hospedeiro. Assinatura relacionada à resposta ao IFN estava enriquecida em genes com SA diferencial. Os genes CD74 e MX2, relacionados com as vias de IFN do tipo 1 (IFN-1), e com ação antiviral, mostraram splicing alternativo diferencial, com perda de função proteica. Análise de expressão de monócitos circulantes de pacientes infectados, em estado severo, mostrou diminuição da resposta de IFN-1 em relação aos casos leves, correlação com estado de hipóxia, aumento da resposta inflamatória via NF-kB e padrões de edição de RNA que indicam diminuição da resposta de IFNs e podem ajudar a compreender a desregulação e infecção desse tipo celular.