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Titre: Sequenciamento de DNA, montagem de novo do genoma e desenvolvimento de marcadores microssatélites, indels e SNPs para uso em análise genética de Brachiaria ruziziensis
Auteur(s): Martins, Alexandre Magalhães
Orientador(es):: Ferreira, Márcio Elias
Assunto:: Marcadores moleculares
Genomas
Polimorfismo (Genética)
Gramínea - genética
Date de publication: 28-avr-2014
Référence bibliographique: MARTINS, Alexandre Magalhães. Sequenciamento de DNA, montagem de novo do genoma e desenvolvimento de marcadores microssatélites, indels e SNPs para uso em análise genética de Brachiaria ruziziensis. 2013. viii, 190 f., il. Tese (Doutorado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2013.
Résumé: Este estudo tem como foco o desenvolvimento e uso de ferramentas de bioinformática aplicadas à análise de grandes volumes de dados de sequenciamento para identificar e selecionar variações específicas de sequência de DNA, como polimorfismos de único nucleotídeo (SNP - Single Nucleotide Polymorphism), marcadores microssatélites (SSR – Single Sequences Repeats) e (indels - Insertions/Deletions), visando o seu emprego em programas de conservação de germoplasma e de melhoramento genético de Brachiaria ruziziensis. Além disto, pretende valer-se das análises in silico com base no genoma de espécies conhecidas como modelo para estudo (ex. arroz), para a caracterização do genoma de Brachiaria ruziziensis, uma espécie órfã de informação genômica. Objetivos específicos a. Sequenciar, montar de novo, analisar e caracterizar o genoma estrutural de Brachiaria ruziziensis, com ênfase no conhecimento da composição de elementos transponíveis, bem como do espaço gênico, em comparação com outras espécies; b. Desenvolver marcadores microssatélites para uso em análise genética e no programa de melhoramento de B. ruziziensis através de sequenciamento de alto desempenho (NGS – Next Generation Sequencing) do genoma nuclear de braquiária. c. Sequenciar, montar de novo, analisar e caracterizar o genoma cloroplástico das quatro principais espécies de braquiária no Brasil (B. ruziziensis, B. brizantha, B. decumbens e B. humidicola). Desenvolver e validar marcadores espécieespecíficos baseados inserções/deleções do DNA cloroplástico para a identificação de acessos destas espécies. d. Desenvolver marcadores SNPs para uso em análise genética e no programa de melhoramento de B. ruziziensis através de NGS.
Description: Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2013.
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Collection(s) :Teses, dissertações e produtos pós-doutorado

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