Estudo de associação ampla do genoma para coloração de pelagem em ovinos da raça Morada Nova

Abstract

A Associação brasileira dos criadores de ovinos (ARCO) reconhece duas variedades da raça Morada Nova, a branca e a vermelha. Entretanto, existe uma variedade negra que vem sendo frequentemente eliminada dos rebanhos por ser desclassificada para fins de registro genealógico. Estudos anteriores da equipe sugerem que esta variedade é muito similar a variedade vermelha. Desta forma, o objetivo deste estudo foi realizar uma análise de GWAS (Genome-wide association study) para identificação de regiões genômicas relacionados à coloração de pelagem e para confirmar o posicionamento da variedade negra em relação às demais variedades de ovinos dessa raça. Foram analisados 61 animais (branco= 20; negra= 20; vermelha= 21), genotipados para OvineSNP50kBeadChip, contendo 54.241 marcadores do tipo SNP (Single NucleotidePolymorphism). No controle de qualidade, exclui-se amostras com call rate < 80 %; amostras outliers, quanto as taxas heterozigosidade autossômica, foi calculado as faixas de 1,5 interquartis (IQR);exclui-se amostras idênticas ou animais com mais de 50% de semelhança (IBD; PCA e Fst); SNPs sem posições definidas nos cromossomos; marcadores monomórficos; SNPs com Call rate < 90 %; Frequência do menor alelo(MAF) <0,0001 e os cromossomos sexuais. Analisou-se a associação para diferenciação de pelagem entre a variedade negra das pelagens vermelha e branca, bem como a diferenciação entre animais negros e vermelhos. Após o controle de qualidade obteve-se um conjunto de dados de 45. 982 SNPs e 48 amostras, (negra= 18; brancas= 13; vermelha= 17). Para GWAS utilizou-se o modelo dominante, teste qui-quadrado corrigido para o controle genômico. O SNPs mais significativo nos GWAS foi o s26449.1, esse SNP encontra-se a uma distância de 163.5 kb do gene MC1R. Esse gene parece ter papel fundamento no processo de diferenciação de pelagem da variedade negra das demais pelagens para raça Morada Nova.