Diversidade de Xanthomonas euvesicatoria pv. allii, agente causal da queima bacteriana em cebola no cerrado brasileiro

Abstract

A cebola (Allium cepa L.) é uma hortaliça pertencente à família Amaryllidaceae, cujo cultivo é disseminado mundialmente. No Brasil é a terceira hortaliça mais produzida, após o tomate e batata. Um surto de queima bacteriana em campos de cebola nos estados de Minas Gerais, Goiás e Distrito Federal, todos em áreas do bioma Cerrado, ocorreu entre os anos 2018 e 2019, e bactérias do gênero Xanthomonas foram isoladas das amostras coletadas. O objetivo desse estudo foi identificar e caracterizar os isolados oriundos de plantas de cebola, e das invasoras leiteira, caruru e da cultura da soja presentes em campos previamente cultivados com cebola. Os métodos usados foram: PCR-específica, análise da diversidade em uma coleção de 36 isolados por BOX-PCR e Multilocus sequence analysis (MLSA) de quatro genes housekeeping: dnaK, fyuA, gyrB e rpoD, sequenciamento genômico completo de isolados representativos da coleção e detecção de genes associados a resistência ao cobre. A análise por BOX-PCR dos isolados de Xanthomonas provenientes de campos de cebola, evidenciou elevada diversidade, com oito haplótipos identificados, correlacionados com cultivares específicas de cebola, sendo especulado que cada isolado/ haplótipo pode ter tido sua introdução associada às sementes dessas cultivares. O MLSA revelou que os isolados pertencem à espécie Xanthomonas euvesicatoria e foram filogeneticamente próximos a bactérias originalmente de Allium spp. de diversas regiões do mundo. Na árvore filogenética os isolados foram separados em quatro diferentes clados, indicando novamente uma alta diversidade na coleção. O sequenciamento genômico de cinco isolados representativos da diversidade haplotípica da coleção revelou ausência de plasmídeos, e dados gerais similares aos previamente descritos para o gênero. Nenhum dos isolados apresentou genes relacionados à resistência ao cobre (cop) sendo uma possibilidade o controle do patógeno com esse produto químico. A análise de efetores revelou um conjunto de mais de 27 efetores do sistema de secreção tipo III (T3SS) presentes nos isolados sequenciados, podendo explicar a capacidade de infectar a cebola e demais hospedeiras