Escalonamento de tarefas no ambiente do Peer-to-peer do BIOFOCO III

Abstract

A utilização de recursos computacionais (estações de trabalho e servidores) instalados em instituições de pesquisa e de ensino localizadas em Brasília permitiu construir em 2006 uma rede Peer-to-Peer, denominada p2pBIOFOCO, que ligava essas instituições. Essa rede é destinada ao processamento de aplicações de Bioinformática. Nesse sistema, dois problemas impactavam bastante a eficiência do sistema: a localização dos hosts e o escalonamento de tarefas. Para solucionar o primeiro problema, modificou-se o sistema incluindo-se um novo mecanismo de busca dos peers. Desse modo, foi implementada uma rede que utiliza o algoritmo de uma estrutura de armazenamento distribuída, a DHT (Distributed Hash Table) [102], adotando-se o protocolo Kademlia. Este trabalho visa solucionar o problema de escalonamento de tarefas no p2pBIOFOCO, implementando uma estratégia que permita incorporar ao p2pBIOFOCO o uso flexível de escalonadores. Mais especificamente, utilizamos o método WQR como escalonador. Além disso, incluímos um mecanismo de transferência eficiente de dados utilizando o método DP-RR, muito útil para aplicações de Bioinformática. Os experimentos realizados mostraram que o p2pBIOFOCO teve um melhor desempenho com a incorporação desses dois métodos, mostrando que ele pode ser usado para aumentar a capacidade de processamento tanto de anotação quanto de análises comparativas em projetos de sequenciamento de alto desempenho. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT

The use of computer resources (work stations and servers) installed in research and teaching institutions located in Brasilia allowed us to construct in 2006 a network Peer-to-Peer, called p2pBIOFOCO that linked that institutions. This network is intended for processing Bioinformatics applications. In this system, two problems have been impacted enough the efficiency of the system: the location of hosts and the scheduling of tasks. To solve the first problem, we changed the system including a new mechanism for searching peers. Thereby, it was implemented a network which uses the algorithm of a structure of distributed storage, DHT (Distributed Hash Table) [102], adopting the protocol Kademlia. This work seeks to solve the problem of scheduling of tasks in p2pBIOFOCO, implementing a strategy to incorporate the p2pBIOFOCO the flexible use of schedulers. More specifically, we used the method WQR as scheduler. In addition, we have included a efficient data transfer mechanism using the method DP-RR, very useful for Bioinformatics applications. The experiments showed that the p2pBIOFOCO had a better performance with the incorporation of the two methods, showing that it can be used to increase processing capacity both notation as comparative analyzes in sequencing projects of high performance.