http://repositorio.unb.br/handle/10482/38345
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Title: | Estudos biológicos e moleculares dos patossistemas Johnsongrass mosaic virus (JGMV) e Maize chlorotic dwarf virus (MCDV) em gramíneas forrageiras |
Authors: | Fragoso, Karina Nascimento da Silva |
Orientador(es):: | Resende, Renato de Oliveira |
Assunto:: | Pastagens - manejo Brachiaria brizantha Pecuária |
Data de defesa:: | 26-Nov-2019 |
Citation: | FRAGOSO, Karina Nascimento da Silva. Estudos biológicos e moleculares dos patossistemas Johnsongrass mosaic virus (JGMV) e Maize chlorotic dwarf virus (MCDV) em gramíneas forrageiras. 2019. 114 f., il. Tese (Doutorado em Biologia Molecular)—Universidade de Brasília, Brasília, 2019. |
Abstract: | O Brasil tem o maior rebanho bovino comercial do mundo, destinado para produção de carne e leite, sendo majoritariamente alimentado com pastagens. A alta incidência de pragas e doenças afeta campos com pastagens, sendo que os agentes biológicos nem sempre são identificados. Sintomas típicos de infecções virais como mosaico, amarelecimento generalizado e nanismo vêm sendo observados em campos experimentais e comerciais de pastagens naturais e cultivadas. Recentemente, nosso grupo de pesquisa identificou duas espécies virais infectando Pennisetum purpureum, Panicum maximum e Brachiaria brizantha por meio do sequenciamento em larga escala (High-Throughput sequencing-HTS): o Johnsongrass mosaic virus (isolado JGMVCNPGL) e o Maize chlorotic dwarf virus (isolado MCDV-BR). A partir dessa identificação preliminar, o objetivo desse trabalho foi realizar a caracterização biológica e molecular desses dois isolados, bem como realizar a localização subcelular das proteínas P1, CP1, CP2 e CP3 do vírus MCDV-BR, tendo em vista que as funções destas proteínas são pouco elucidadas. A caracterização biológica de JGMV-CNPGL e MCDV-BR é fundamental para o desenvolvimento de estratégias de defesa contra esses agentes etiológicos com alto poder de infecção em plantas forrageiras colocando em risco o setor pecuário nacional, entretanto não foi realizada para o MCDV-BR, pois o vírus não passa mecanicamente e o vetor de transmissão não foi identificado. O isolado JGMV-CNPGL, identificado em plantas de P. purpureum, foi inoculado mecanicamente em 14 espécies de plantas indicadoras, sendo que 10 delas foram suscetíveis. O genoma desse vírus possui 9.865 nt, que codifica 11 proteínas (P1, HC-Pro P3, 6K1, CI, 6K2, VPg, NIa, NIb, CP e PIPO). Os valores de identidade de nucleotídeos da capa proteica (CP) e do genoma completo obedecem aos critérios de demarcação de espécie para o gênero Potyvirus. Alguns motivos conservados característicos de Potyvirus foram identificados nas proteínas codificadas por esse vírus, entretanto, o motivo KITC da HC-Pro, envolvido na interação da partícula viral com o estilete do vetor (Afídeo), não está presente. Vale ressaltar que a porção N-terminal da CP mostrou apenas 38% de identidade de sequência de aminoácidos quando comparados com outros isolados de JGMV caracterizados em outras regiões do mundo. As implicações biológicas dessa divergência de sequências precisam ser elucidadas. O genoma de MCDV-BR, encontrado infectando Brachiaria, possui 11.960 nt com uma ORF1 codificando uma poliproteína de 9 proteínas (P1, CP1, CP2, CP3, R37, Hel, R69, 3C-Pro e RdRP) e uma pequena ORFx, interna e próxima da extremidade 5ʹ da ORF1. A comparação de sequência aminoácidos das CPs (CP1, CP2 e CP3) e RdRp (Pol) se encaixa dentro dos critérios de demarcação de espécie para gênero Waikavirus, identificando este isolado como pertencente a espécie MCDV. A localização subcelular de proteínas de MCDV-BR em fusão com eGFP, confirmada por colocalização com marcadores de organelas, demonstrou que a proteína P1 está presente no citoplasma, próximo a parede celular, CP1 é endereçada a mitocôndria, CP2 forma agregados no núcleo e CP3 está no citoplasma próximo a parede celular e também forma agregados no núcleo. Experimentos complementares devem ser realizados para comprovar a localização subcelular, podendo auxiliar na predição de funções das proteínas virais. |
Abstract: | Brazil has the largest commercial cattle herd in the world, used for beef and dairy production, being mainly fed on pastures. The high incidence of pests and diseases affects fields with pastures, and biological agents are not always identified. Typical symptoms of viral infections such as mosaic, widespread yellowing and dwarfism have been observed in experimental and commercial fields of natural and cultivated pastures. Our research group recently identified two viral species infecting Pennisetum purpureum, Panicum maximum and Brachiaria brizantha by High-Throughput sequencing: Johnsongrass mosaic virus (JGMV-CNPGL isolate) and Maize chlorotic dwarf virus (MCDV-BR isolate). From this preliminary identification, the objective of this work was to perform the biological and molecular characterization of these two isolates, as well as to perform the subcellular localization of proteins P1, CP1, CP2 and CP3 of the MCDVBR virus. From this preliminary identification, the objective of this work was to carry out the biological and molecular characterization of these two isolates, as well as to perform the subcellular localization of MCDV-BR virus proteins P1, CP1, CP2 and CP3, considering that their functions are poorly understood. The biological characterization of JGMV-CNPGL and MCDV-BR is fundamental for the development of defense strategies against these etiological agents with high potential infection in forage plants putting at risk the national livestock sector. However, characterization of MCDV-BR was not performed, because this virus does not pass mechanically, and the transmission vector was not identified. The JGMV-CNPGL isolate, identified in P. purpureum plants, was mechanically inoculated in 14 host plant candidates, 10 of which were susceptible. The genome of this virus has 9,865 nt, which encodes 11 proteins (P1, HC-Pro, P3, 6K1, CI, 6K2, VPg, NIa, NIb, CP and PIPO). The nucleotide identity values of CP and the complete genome obey the species demarcation criteria for the genus Potyvirus. Some conserved motifs characteristic of Potyvirus have been identified in proteins encoded by this virus, however, the HC-Pro KITC motif, involved in the interaction of the viral particle with the vector stylets (Aphid), is not present. It is noteworthy that the N-terminal portion of CP showed only 38% amino acid sequence identity when compared to other JGMV isolates characterized in other regions of the world. The biological implications of this sequence divergence need to be elucidated. The MCDV-BR virus genome, found infecting Brachiaria, has 11,960 nt with an ORF1 encoding a polyprotein with 9 proteins (P1, CP1, CP2, CP3, R37, Hel, R69, 3C-Pro and RdRP) and a small ORFx, internal and near the 5ʹ end of ORF1. The peptide sequence comparison of the CPs (CP1, CP2 and CP3) and Pol (RdRp) fits within the species demarcation criteria for Waikavirus genus, identifying this isolate as belonging to the MCDV species. The subcellular localization of MCDV-BR proteins fused with eGFP, confirmed by co-localization with organelle markers, demonstrated that protein P1 is present in the cytoplasm, near the cell wall, CP1 is addressed to mitochondria, CP2 forms nucleus aggregates. and CP3 is in the cytoplasm near the cell wall and forms aggregates in the nucleus. However, complementary experiments should be performed to prove subcellular localization, which may aid in the prediction of viral protein functions. |
Description: | Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2019. |
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